Biens conservés par le climat aride, le Nord du pays est riche en fossiles. On a mis au jour dans le massif de l'Aïr des vestiges de céramiques du VIIIe millénaire avant notre ère, contemporains de l'invention de la poterie dans d'autres régions du monde. La désertification du Sahara commencée à cette époque repoussa ensuite vers le Sud les populations d'agriculteurs et les céramistes, laissant la place à des communautés d'éleveurs de bovins qui gravèrent sur les rochers de nombreuses représentations de leurs troupeaux (entre 2000 et 3000av.J.-C.).Des gravures de cette époque témoignent également de la présence à cette latitude d'éléphants, d'hippopotames et d'une faune de savane abondante et variée. Le Ténéré est riche en témoignages de la présence humaine au Néolithique par un abondant matériel de pierre (pointes de flèches, meules, etc.), jusqu'à la désertification de la région au Ier millénaire avant notre ère.

Les territoires constituant le Niger actuel entrèrent ensuite dans l'histoire avec l'établissement de relations transsahariennes au Moyen âge, vers le Maroc, par la vallée du Niger et Tombouctou (empires du Mali et du Songhaï), vers la Tunisie (Ifriqiya) à travers le Sahara central, et vers la Libye et l'Égypte par le Fezzan et le Tchad (États haoussas). Cette diversité explique la permanence des deux grands pôles de développement culturel et économique du pays : la vallée du Niger (Niamey), et le bassin du Tchad (Zinder). 

Le commerce régional portait sur l'échange sel/mil entre le Sahara central riche en gisements de sel et la savane, productrice de mil, et sur la noix de cola produite dans les zones forestières. Ses voies de communication furent très tôt pénétrées par les missionnaires musulmans, puis contrôlées par les nomades islamisés (Touareg, Toubous). Les États haoussas islamisés dominèrent le Niger méridional du Xe siècle au début du XIXesiècle, époque à laquelle ils furent soumis par la guerre sainte des Peuls menés par Ousman dan Fodio. Les Songhaïs exercèrent une forte influence sur la vallée du fleuve durant la dernière partie du Moyen age, tandis que l'empire de Kanem-Bornou dominait la frontière orientale. Les Touareg arrivèrent par vagues dans l'Aïr à partir du XIe siècle environ, se répandirent dans l'Azawak et commencèrent à lancer des raids sur les sédentaires du Sud. Au XVe siècle, ils établirent un sultanat à Agadez.
Les premiers Européens à entrer dans cette région furent le chirurgien et explorateur écossais Mungo Park et les explorateurs allemands Heinrich Barth, en route pour Tombouctou, et Eduard Vogel.

Les Français arrivérent vers 1890, atteignirent le lac Tchad et luttèrent contre Rabah (un marchand d'esclave, auto-proclamé souverain) dont l'influence s'étendait sur le Bornou. Ils mirent longtemps à réduire la résistance des Touareg de l'Aïr. En 1900, ils firent du Niger un territoire militaire administré à partir de l'ancien sultanat de Zinder. La France installe progressivement une administration de type européen dans la région qui prend le nom de Soudan Français. La farouche résistance du peuple touareg cesse avec la défaite de Kaocen en 1916. La colonisation perdurera durant six décennies. Le Niger devint une colonie en 1921, administrée à partir de Niamey pour rééquilibrer les pouvoirs économiques et politiques locaux, diminuer le poids de la communauté haoussa de Zinder ainsi que l'influence du nord du Nigeria, une région riche et peuplée. Territoire d'outre-mer en 1946, puis république autonome au sein de la Communauté en 1958, malgré une campagne pour le "non" au référendum de Djibo Bakary, opposé au chef du gouvernement Hamani Diori.

Le 3 août 1960, l'Indépendance est proclamée par le président de la République Diori Hamani, qui dirige le pays jusqu'en 1974, après quoi alterneront les périodes de dictature militaire et de pouvoir démocratique. En 1990, une rébellion touareg éclate dans les territoires sahariens. Les Touaregs supportant de plus en mal le pouvoir des ethnies du Sud et la négation de leur identité. Les combats sont violents et la population voit ses souffrances croître au fur et à mesure que l'Autorité Militaire augmente les pressions et les exactions. Pour le front rebelle, après des velléités d'indépendance, la sagesse l'emporte et tout rentre dans l'ordre en 1995 quand le gouvernement de Niamey promet, enfin, une plus large autonomie. Après le coup d'Etat d'avril 1999 et la parenthèse du Conseil de Réconciliation Nationale (régime d'exception) une nouvelle constitution a été adoptée par référendum le 18 juillet 1999 (Vème République instituant un régime semi-présidentiel) et les nouvelles autorités ont été démocratiquement élues en novembre 1999. Le Président de la République Tandja Mamadou (élu au second tour de scrutin avec 60% des suffrages). L'Assemblée nationale est composée de 83 députés, 55 appartiennent à la majorité, 28 à l'opposition.